Sekcia kybernetickej bezpečnosti vykonáva v zmysle zákona č. 95/2019 Z.z. o informačných technológiách vo verejnej správe a o zmene a doplnení niektorých zákonov kontrolu dodržiavania ustanovení tohto zákona v súvislosti s dodržiavaním naňho nadväzujúcej vyhlášky č. 179/2020 Z.z. ktorou sa ustanovuje spôsob kategorizácie a obsah bezpečnostných opatrení informačných technológií verejnej správy a ostatných všeobecne záväzných právnych predpisov. Sekcia kybernetickej bezpečnosti pri kontrolovaní dodržiavania vyššie spomínaných právnych predpisov postupuje podľa ustanovení zákona č. 10/1996 Z.z. o kontrole v štátnej správe. Cieľom vykonávania kontroly je pôsobiť na orgány riadenia predovšetkým preventívne a poukazovať na prípadné nedostatky hlavne z dôvodu, aby ich informačné systémy boli čo najviac zabezpečené pred prípadnými kybernetickými hrozbami.